Vamos a ver!
Dudo mucho que tu mecanico te ponga la variante 2 ya que solo se puede hacer con la maquina oficial aprilia, el co2 hay quer regularlo según lo kilometros que tenga tu moto, el tps no debes tocarlo ya que el ajuste si hicera falta hacerlo (cosa que dudo mucho) se hace con la maquina que he nombrando antreriormente. El ralentí de la moto la propia centralita lo regula automaticamente dependiendo de los parametros que reciba de los diferentes sensores de la injección, con la maquina de diagnosis no se puede regular el ralentí.
El co2 se hace poniento unos vacuometros como antiguamente se hacia al hacer un reglaje de carburación y el ajuste se hace dependiendo de como queme la moto con un analizador de gases que es el que dice si hay que abrir o cerrar el paso de aire.
Otra cosa que tienes que tener en cuenta es que los mapas de aprilia estas hechos para akrapovic, si tu pusistes un escape diferente no te pueden garantizar al 100x100 que la moto vaya perfecta. Esto que quiere decir, pues que es posible que cuando cortes gas de la moto alguna explosión o que consuma mas gasolina de lo normal.
Yo que tú la llevaría al concesionario oficial y que te hiceran vacuometros y que te pusierán la variante 2 porque repito, dudo mucho que ese taller que dices lo pueda poner.