Me parece que los primeros 990 Rotax tuvieron problemas de casquillos de biela, y por lo que tú me dices seguramente esas modificaciones están orientadas a hacer los casquillos de biela más grandes y resistentes y mejor lubricados.
Lo del equilibrado del motor es jodido, las V a 60º generan muchas vibraciones pero, no tienes por qué cambiar las bielas, deja las bielas de la 990 y con unos cilindros de mayor diámetro seguramente podrás subirla a 1200. No creo que los cilindros del Rotax puedan rectificarse 8 milímetros de diámetro, es mucho, habría que comerle a la pared 4 milímetros y no me parece a mí que haya suficiente espesor.