Estas en tu pleno derecho de meterle mano todo lo que quieras a tu moto, yo lo hago 
La limpieza no es mala, es mas, lo agradecerá pero ten cuidado con que limpias cada cosa.
Que el airbox este sucio, es un poco normal, en la mia (la moderna) hay un latiguillo que sube desde el motor i llega a una cavidad que hay una espumilla que hace de filtro, es para que los gases del aceite motor no vayan al suelo, eso no es bueno, pero que vuelva a entrar en el motor.........tampoco. Estoy en vias de modificar eso i poner un bote para recoger esos gases, que al enfriarse se convierten en gotas de aceite que es por eso que el airbox esta sucio.
El K&N es facil limpiarlo, coge KH7 i con el filtro plano con la parte sucia abajo, le das en abundancia por arriba, esperas 3 minutos i debajo de un grifo con buena presion lo aclaras, si no queda bien, repites el paso, i veras como cambia. Lo dejas secar, no le des con aire a presion, i luego con spray para filtros de enduro-cross, le das por donde tenias la parte sucia i listo. Si quieres cambiarlo, no hagas muchos inventos, mira este http://cgi.ebay.es/ws/eBayISAPI.dll?ViewItem&item=400083951654&ssPageName=STRK:MEWAX:IT, no es de tu modelo pero lo hay.
Las toberas de admision con brake cleaner i un trapito quedan de muerte, yo no desmontaria nada pero tu mismo.
Tu enunciado lo veo catastrofista hombre, pensava que era otra cosa, todo tiene arreglo i es mas te aconsejo que cambies el liquido refrigerante
I lo de pintar las tapas, seguro que lo haces con "cariño" i te quedaran de coña.
la potencia sin control, ES NECESARIA!!!!!