Juraría que tu problema misterioso no es ni mas ni menos que la pata de cabra u__u
Venden una mierda en plan para puentearlo, pero sólo con cortar todos los cables y juntar hasta que arranque la moto, debería bastar para saltarte el tema...
De todos modos, mirar que está bien fijada y tal, no está de más, pero he leido algo por ahí de lo de la pata de cabra y es bastante conocido por lo que se ve.
Vaya, que me he puesto a buscar por ahí tu problema (en Af1 están todos) y ese me parece el más lógico y el que más encaja con tus problemas...
Más info:
http://www.apriliaforum.com/forums/showthread.php?235033-Engine-stops-intermittently&highlight=electric+problem
http://www.apriliaforum.com/forums/showthread.php?18415-Side-stand-quot-wiring-device-quot
por probar...
(PD: acabo de ver que no necesitas cortar nada >__< ese es el método bruto que utilizo siempre para todo y luego caigo en que había otra forma u__u dicen que girando el interruptor ese de la pata de cabra (mira de dejarlo fijo) también funciona... aunque cortándo y empalmando sabes 100% seguro que si eso sigue fallando, eso no es...)