Hola Brutus... en primer lugar, me alegra leer que ya estás manos a la obra, y entiendo que a punto de dejar la moto lista de nuevo!! Por lo que respecta a la pregunta y problema que explicas, te diré que, al menos con las Ducati (que funcionan con el mismo programa de gestión de inyección, y relojes primos hermanos de Magnetti Marelli...) es totalmente imposible realizar el encendido de la moto, ya que el circuito que forman la centralita + llave codificada + relojes (codificados en EXCLUSIVA con la llave y centralita) está incompleto, y por lo tanto, la centralita no permite el encendido...
Cosas de la electrónica... que cosas!!
Ah!!! Prueba a montar los relojes, y si te sigue fallando, vigila que no se te hayan dañado los cuerpos de los inyectores con el golpe, y no esté llegando gasolina!!
PD: ¿He comentado ya que tengo mi moto en venta? Más info
AQUÍEsta era mi MONSTER 1000 
V-Twin Power