Bueno, pues ya está!!
Ayer estuve echando un vistazo al esquema eléctrico de la moto, unos videos en youtube y un rato hablando con un amigo electricista (no de motos) y esta tarde me decidí a montarlo. Conecté los tres cables al conector marrón como me vino bien y sin problema, al arrancar marcaba entre 14,3 y 14,5 al ralentí (está bien, no??). La cuerda esa blanca que trae el nuevo no se la quité. El stator original tiene una pletina con un tornillo sujetando los cables donde van conectados al stator, y esa cuerda hace la misma función, así que no la quité, espero no haber metido la pata...
Sólo me queda montarle la quilla, hacerle una limpieza a fondo y esperar que durante la semana me de la lluvia un día de tregua para poder probarla, la he echado mucho de menos 
De todas formas si alguien puede aportar una respuesta/explicación al tema nos vendría a todos genial, yo lo he hecho un poco por intuición y sin la seguridad de estar haciéndolo bien, de hecho todavía no estoy muy convencido.
Un saludo a todos.