Qué tal compañero, a mí me pasa algo parecido pero, tb sale humo y es efectivamente porque cae sobre los colectores. En mi caso son las juntas de las tapas de balancines, están hechas polvo sobre todo el cilindro trasero, llevo como 3 meses esperando ya que el distribuidor en Gran Canaria es así de eficiente, pero bueno al final me he buscado la vida y las he pillado por ebay, super rápido, te paso enlace por si fuera tu caso.
http://www.ebay.es/itm/Ventildeckel-Dichtung-Valve-Cover-Aprilia-Tuono-1000-R-Factory-NEU-/331080149473?hash=item4d15ea29e1:g:ePMAAOSwdsFUPKoC
Ah, tb decirte que en el manual de mi tuono no se recomienda usarla hasta que no hayan llegado los 60ºc, no sé si lo sabías, yo me enteré después de haberlo leído, creo que su anterior dueño tampoco tenía idea.
Sobre el nivel de aceite yo creo que he podido verlo sólo una vez, tienes que esperar como uno 5 minutos después de haber andado un ratito, no recuerdo el tiempo. No obstante creo que cuando carece de ella o te excedes el icono de presión de aceite (la alcuza) te lo marca en el tablero. Saludos, ya nos cuentas