Hola yo tengo una RSV 1000 R 2006 y he tenido todos esos problemas excepto el de la inyección. Bueno te comento mis soluciones bueno las que me han funcionado:
1º- Lo del embrague hay una circular de Aprilia dando la solución; la bomba de embrague que viene de serie se la modifica con un taladro a mayores en la camara de impulsión que le denominan de autopurgado que según actua el embrague al mismo tiempo se purga. Llevo 7000 Km y sin problemas y antes cada 1000 Km problemas.
2º- Lo del freno trasero la solución lo que comentan los compañeros del foro o mirar en AF1 y comprar la bomba brembo que venden que sale por unos 60 euros puesta en casa. Yo he cambiado la bomba y me hicieron el famoso purgado y nada asi que probaré la bomba de AF1.
3º- Lo del aceite ya he usado el Castrol y la caja de cambios me iba peor, ahora utilizo el Agip el que recomiendan y va bastante bien la moto.
Bueno saludos y suerte.