Tiene toda la pinta de un tema electrico ... incluso bujias (¿le cuesta arrancar?).
Yo empezaria por ahí. Comprueba que los electrodos estan en tolerancias y que los capuchones estan bien puestos.
Tambien puede ser que pillara un poco de mierda un inyector y la soltara. Aunque si lo ha hecho 2 veces lo dudo.
Desgraciadamente ese tipo de fallos son los mas jodidos de encontrar. Recuerdo un caso de un amigo con una r6 del 2003.
La moto cuando pasaba de 8000 rpms en marcha se comportaba exactamente como tu cuentas se ahogaba, despues respondia, se volvia a ahogar... pero no dejaba de fallar... tras 4 semanas en el concesionario oficial y mirarla de arriba abajo ineyeccion, electrico... todo ... varias veces ( me consta que fue asi, porque otro amigo trabajaba en el taller ) dieron con el fallo... que es absolutamente increible ... pero cierto. El pare del motor con el uso se habia deformado y cuando la moto cogia 8000 rpms las vibraciones hacian que el interruptor (que no es mas que una chapita con un muelle) hiciera microcortes con los correpondientes fallos y ahogos.
Suerte.
Un saludo
Pacote