Pues vuelve a colocarla, pero mira que no se haya torcido ninguna de las patillas, y encajalo a fondo, cuando este bien a fondo sujetalo con una gota de silicona en un extremo y dejala secar.
De todas formas busca el tubito que te decía, en el lateral izquierdo (mirado desde sentado en la moto) debajo de la caja del filtro, veras una cajita pequeña que debería estar sujeta. de esta caja sale un tubito de unos 4mm de diametro, que luego se divide en dos y va cada uno de los cuerpos de carburador. Asegurate de que esten bien conectados ya que los sintomas que dices se parecen mucho a lo que me pasó a mi cuando lo solté por error al trastear el filtro.
De todas formas ya te digo que lo mejor es poner el eprom programado para cada configuración particular.
Ya nos diras.
La historia de un gran proyecto
http://v60.es/forums/97/112867/ShowThread.aspx#112867