Sólo una hipótesis sencilla,
Por lo que dices de las 6000rpm, a ese rango se activa el led del display del cuentavueltas si está configurado por defecto (el avisador de sobreregimen programable), la señal de vueltas la envía la CDI al display, podrías ser que tuvieras un problema en el display y diera problemas en la CDI?
Yo miraría si tienes programado el avisador sobre las 6000rpm, la zona donde se cala, y si es así, desconectaría el display y saldria a rodar, a ver si deja de pasar.
Por cierto, se te para sólo en marcha, o en parado también? A lo mejor es un problema de algún sensor de motor que está flojo y de problemas de lectura cuando la cosa empieza a vibrar más, las pruebas de cableado saldrán bien pero a lo mejor te falla en dinámico.
Sólo ideas.
Suerte