Punisher,
Antes de liarte con la decisión, deberías ponerte un límite de presupuesto y de horas de trabajo.
Bajo mi punto de vista, si quieres algo que funcione sin demasiadas complicaciones y con coste más bajo, deberías de meter un motor de doble bujía 2ª generación, los tipo RP (mejor relación calidad/precio de segunda mano). Lo revisas a fondo, trabajas un poco los conductos de escape y admisión, y con eso te puedes poner al nivel de uno de simple bujía (básicamente tiempo si sabes de mecánica). Usando todo lo que ya tienes en tu moto. Por cierto, los cárteres de doble bujía tenían más tendencia a romperse, y parece ser que tu has sufrido el fallo. De todos modos, este fallo es bastante puntual y no demasiado común.
Por otra parte, decidirte por un motor de 1 sóla bujía (3ª gen son tipo RR, 4ª gen son tipo NG) te va a suponer, como ya han dicho, un extra gordo, EPROM a medida, modificación cableado y bobinas, compra de colectores y modificar piezas, este proyecto no te bajará de 600-700€ en extras, además del tiempo. Y si además vas a por un NG, ten cuidado con el motor que escojas, ya que han tenido problemas con cojinetes de bielas debidos a tolerancias bajas de casquillos-cigüeñal y presión de aceite más baja (comprobar esto es abrir cárter + kit de juntas de motor). La mayor mejora de los GEN3-4 es el conducto de escape, no el diámetro de válvulas, si tubieras culatas antiguas y modernas en las manos verías el porque, unas culatas de GEN2 las puedes dejar casi como unas GEN3-4 con rotaflex o dremel y tiempo.
En ningún caso, si quieres potencia máxima, te recomendaría un motor GEN1, tipo ME.
Un GEN4 sólo sería obligado si quisieras aumenar las RPM, ya que primero, llevan árboles de levas de una pieza con muelles de válvula más rígidos, y segundo, las bielas son un poco más reforzadas. Los GEN3 todavía llevaban árboles de levas con levas embutidas en el eje.